Sesuai Peraturan Menteri Pertanian No:27/Permentan/OT.140/3/2013 Balai Penelitian Lingkungan Pertanian mempunyai:

Tugas Pokok

Melaksanakan penelitian emisi, mitigasi dan absorsi Gas Rumah Kaca  dari pertanian, serta pencemaran lingkungan dan penanggulangannya di lahan pertanian.

1. Pelaksanaan penyusunan program, rencana kerja, anggaran, evaluasi, dan laporan penelitian emisi, mitigasi dan absorsi Gas Rumah Kaca dari pertanian, serta pencemaran lingkungan dan penanggulanannya dilahan pertanian;
2. Pelaksanaan penelitian emisi, mitigasi dan absorsi Gas Rumah Kaca dari lahan pertanian;
3. Pelaksanaan penelitian teknologi pengelolaan pengendalian lingkungan pertanian dan remediasi pencemaran;
4. Pelaksanaan penelitian komponen teknologi budidaya pertanian ramah lingkungan;
5. Pemberian pelayanan teknis penelitian pencemaran lingkungan dan penanggulangannya di lahan pertanian;
6. Penyiapan kerja sama, informasi, dokumentasi, serta penyebarluasan dan pendayagunaan hasil penelitian pencemaran lingkungan dan penanggulangannya di lahan pertanian;
7. Pelaksanaan urusan kepegawaian, keuangan, rumah tangga dan perlengkapan Balingtan.